2005年8月，“雅巴合作”開幕，由于楊致遠和馬云私交甚好，雅虎和阿里巴巴渡過了一段“蜜月期”。不過卻并非沒有嫌隙，前雅虎中國總裁謝文在接受采訪時說：“其實，雅虎和阿里巴巴的關系一直很差。我當初在雅虎中國擔任總裁的時候，楊致遠還沒有走，但是兩個公司的關系也很僵。雅虎想控制雅虎中國，這自然會和阿里巴巴產生矛盾。”
2009年1月，卡羅爾·巴茨上臺，雅巴之間的矛盾公開激發出來。
2009年3月，巴茨指責馬云沒做好雅虎中國
2009年3月，巴茨和馬云在雅虎總部第一次見面，據后來多次被媒體引用的描述，楊致遠介紹兩人認識后，就離開了會議室，緊接著，巴茨當著阿里巴巴整個高管團隊的面，指責馬云沒有把雅虎中國做好，“我想直截了當地說，因為這關系到我的聲譽，我希望你能從中國雅虎網站上把雅虎的名字去掉。”
有接近阿里巴巴消息源的人士轉述這一場面，稱是“巴茨蠢驢般外交技巧的一次展現”。
而就在這個月，馬云在一次采訪中表示：雅虎去留無所謂，只是一個股東。
2009年9月，雅虎在阿里十周年慶出售股權套現
每年9月10日是網商大會，不僅僅是阿里巴巴集團周年慶的時候，事實上，也是馬云本人的生日。在2009年9月，當阿里巴巴集團忙于慶賀自己的十周年之際，在網商大會舉辦的第二天，美國雅虎毫無預警地出售了持有的1%的股權，以此套現最高可能1.5億美元的現金，以緩解雅虎的經營困境。
2010年1月，阿里指責雅虎力挺谷歌退出中國
2010年1月，谷歌宣布將退出中國內地市場，雅虎出面力挺谷歌，發表聲明表示：“我們與谷歌站在同一邊，作為網絡企業的先鋒，本公司強烈反對任何隱私權的侵犯”。
對這一聲明，阿里巴巴集團內部人士對媒體說：“雅虎這樣做，有沒有想到自己在中國還有合作伙伴、以及中國雅虎？”隨后，阿里巴巴發言人針對雅虎聲明表示：“雅虎就谷歌事件做出的聲明和支持谷歌立場的表態，是在缺乏事實為證據的情況下作出的草率行為。阿里巴巴對此并不同意。”
2010年9月，衛哲稱阿里已不再需要雅虎
2010年5月阿里巴巴股東大會上，阿里巴巴集團首席財務官蔡崇信表示：“只要雅虎愿意，阿里巴巴愿意回收其所持有的阿里巴巴全部股份。”蔡崇信表示阿里巴巴不缺錢，不過是雅虎還不愿賣。
2010年9月，又一個網商大會期間，雅虎香港總經理蔡寶德表示，雅虎正在考慮吸引內地客戶到雅虎香港網站投放廣告。
對此，阿里巴巴發言人表示：“如果雅虎確實在中國客戶上與阿里巴巴競爭，我們將根據該舉動及其隱含的意圖重新評估與雅虎的合作關系。”
而時任阿里巴巴首席執行官衛哲言辭更激烈：“不再擁有搜索引擎技術的雅虎只是一個金融投資者，阿里巴巴已不再需要雅虎。”這是阿里巴巴首次公開表達對其最大股東的嫌棄。他還把雅虎和阿里巴巴的關系，比作日漸疏遠的爺孫。“爺爺總是要死的。”
9月12日，雅虎發言人在回應衛哲的言論時表示，將維持阿里巴巴的39%持股不變，近日發展不會影響其于阿里巴巴集團的投資。
2010年9月，巴茨首次公開贊賞馬云
之后形勢竟似乎有峰回路轉之勢，9月15日，據《華爾街日報》報道，巴茨談及雅虎與阿里巴巴最近的緊張關系時表示，她與馬云之間一直保持良好的合作關系，并透露在最近一次微軟高峰會議上，她整天都與馬云鄰座。她表示，“馬云未來一定能將公司做得很好。”這是巴茨首次公開對馬云贊賞。巴茨并表示她本人可能會在2010年晚些時候加入阿里巴巴董事會。
2010年10月，雅虎沒有增加在阿里董事會的席位
根據2005年雙方簽訂合作協議，2010年10月雅虎將獲得在阿里巴巴董事會的另一席位。
這一協議引發業界對“馬云等管理團隊是否會失去控制權”的猜想，對此，10月12日，馬云在中國計算機大會上表示，雖然外資是阿里巴巴的大股東，但是外資不會控制阿里巴巴，自己會掌控阿里巴巴的未來，他說：“我堅信不移的事情是：資本家永遠是舅舅，你是這個企業的父母，你要掌握這個企業的未來。股東永遠是第三位，(資本)永遠是舅舅，買奶粉的錢不夠就借一點。”
2010年10月19日，巴茨在雅虎財報會議上，雅虎對阿里巴巴的投資證明了雅虎創始人楊致遠“具有遠見之明”。并且說：“我對馬云、阿里巴巴的團隊以及他們的成就非常尊重。我們知道在他們現在發展的業務中具有巨大的價值。這是一項重要的投資，我們將致力于建立一項良好的商務關系。除此之外，我現在或未來都不會對雅虎向他們的投資進行評論。”
截止目前，雅虎并沒有增加在阿里巴巴董事會的席位，2011年2月，時任雅虎CFO蒂姆·莫爾斯（Tim Morse）表示，公司未在阿里巴巴任命新董事，是因沒雅虎還沒有找到"一個可增加價值的特殊地位的人"，與楊致遠搭檔，一起在阿里巴巴董事會代表雅虎。"我們還沒有任命新董事，主要是因為目前情況不錯。目前沒有很大必要打破平衡"。
2011年5月，支付寶股權變更風波
不過，當2011年5月10日“支付寶股權變更”一事浮出水面時，人們發現，平衡已被打破，變化早已靜悄悄地發生著。
5月10日，雅虎在提交給SEC的文件中表示，阿里巴巴集團已經將支付寶的所有權轉讓給馬云控股的另一家中國內資公司。支付寶公司解釋，這一變動是為了獲取牌照，在去年已經完成。
之后，雅虎和阿里巴巴開始口水仗，雅虎聲明直到今年3月31日才獲悉發生于去年8月的股權轉移之事，股權轉移未獲董事會批準，而馬云則稱早已獲得董事會的授權。
5月16日，雙方發表聯合聲明，將努力解決支付寶糾紛。之后此事的爭論一直在持續。
7月29日，阿里巴巴集團、雅虎以及軟銀宣布，三方已就支付寶達成了一項協議，支付寶控股公司承諾在上市時予以阿里巴巴集團一次性現金回報，回報額為支付寶在上市時總市值的37.5%(以IPO價為準)，回報額將不低于20億美元且不超過60億美元。有評論認為，根據這一協議，馬云及阿里管理層實際上實現了對支付寶業務的非典型MBO，實現了對支付寶的100%控制。
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